(Gastro)-enteritis kan van acute of chronische aard zijn. Bij chronische vormen kunnen o.a. voedselallergie, voedselintolerantie, parasitaire infecties, bacteriële overgroei, lymfangiëctasie, ‘Inflammatory Bowel Disease’ (IBD) of neoplasie betrokken zijn. Verder onderzoek door middel van bloedonderzoek, onderzoek van de ontlasting (op parasieten en eventueel op bacteriën), en medische beeldvorming zijn meestal aangewezen. Indien met deze diagnostische testen geen specifieke diagnose kan worden aangetoond, kan een stapsgewijze aanpak gevolgd worden: 1. antiparasitaire therapie; 2. voedseltest met hypoallergeen dieet; 3. antibacteriële therapie. Indien de diarree nadien nog persisteert, is bioptname van het gastro-intestinaal stelsel via endoscopie of chirurgie noodzakelijk.

Bij patiënten met chronische enteropathie is antibioticumtherapie vooral aangewezen bij documentatie van een bacterieel pathogeen, bij de behandeling van antibioticum-responsieve diarree of secundaire bacteriële overgroei of bij aandoeningen waarbij modulatie van de flora zinvol kan zijn, zoals bij IBD.

Net als chronische (gastro)enteritis is colitis zelden primair bacterieel van aard. Daarom is een antibioticumtherapie meestal niet aangewezen, tenzij voor het beïnvloeden van de intestinale flora zoals hierboven beschreven. Een uitzondering is granulomateuze colitis (of histiocytaire ulceratieve colitis) wat wel door bacteriën wordt veroorzaakt, meestal door Escherichia coli, minder frequent door andere bacteriën (bv. Streptococcus, Campylobacter, Yersinia, Mycobacteriën).

De behandeling van granulomateuze colitis moet gebaseerd worden op cultuur en gevoeligheidstesten van colonbiopten. Fluoroquinolones lijken de meest succesvolle therapie, maar resistentie van de oorzakelijke bacteriën ten opzichte van enrofloxacine is ook gerapporteerd. Een langdurige antibioticumtherapie (6 tot 10 weken) is noodzakelijk om herval en antibioticumresistentie te voorkomen.