Bacteriële enteritis (BE) of dysbiosis of dysbacteriosis is sinds 2001 in België de voornaamste indicatie waarvoor antibacteriële behandelingen ingezet worden bij pluimvee. Het is een multifactoriële aandoening met een complexe achtergrond en komt typisch voor vanaf 14 dagen bij mestkuikens en mestkalkoenen. Er is een verschuiving in de numerieke verhouding tussen de verschillende bacteriespecies, en er is niet één bacterie in het bijzonder als oorzaak van de enteritis. De aandoening veroorzaakt geen directe mortaliteit, maar welzijns-, economische en kwaliteitsproblemen door de impact op de water/voederverhouding en bijkomende impact op strooiselkwaliteit. Hierdoor ontstaan voetzoolletsels en stress. Bijkomend worden ook meer respiratoire aandoeningen verwacht door nefaste invloed van de strooiselkwaliteit op het luchtwegapparaat. Er worden meer borstblaren vastgesteld in het slachthuis. Indirect kunnen deze problemen tot een hogere sterfte door secundaire aandoeningen leiden. Er wordt ook meer arthritis vastgesteld bij vleeskuikens uit BE tomen.

Dysbiosis diagnosticeren is moeilijk. Autopsie op dieren van het verdacht koppel met onderzoek van de darmen via macroscopische scoring is ten sterkste aanbevolen. Een hoge letselscore op dag 10 kan predictief zijn voor een hogere score achteraf. Er wordt momenteel wereldwijd gezocht naar geschikte biomarkers voor een vroegtijdige detectie van dysbiosis-gerelateerde darmgezondheidsproblemen. Deze biomarkers geven aanwijzingen over gewijzigde biologische substanties, geassocieerd met normale of abnormale condities.

De rol van antibiotica in deze pathologie is niet eenduidig. Enerzijds blijken middelen met een Gram-positief spectrum (bijv. fenoxymethylpenicilline) een goede werking te hebben, waarschijnlijk door de werking van deze middelen tegen Clostridiaceae. Er is echter een duidelijk onderscheid in ziektebeeld en etiologie met Necrotische Enteritis (NE) veroorzaakt door bepaalde stammen van Clostridium perfringens. Anderzijds kan de toediening van therapeutische dosissen antibiotica het ontstaan van een dysbiosis triggeren door een verstoring van de microbiota. Antibiotica worden best enkel gebruikt wanneer uit de macroscopische scoring blijkt dat er een ernstige enteritis aanwezig is (scores hoger dan 5).

Door het bovenstaand beschreven complex karakter van de aandoening is het onmogelijk met de huidige wetenschappelijke kennis (2020) een antibiogram of andere gevoeligheidstesten aan te leggen. Wetenschappelijke bijsluiters van antibacteriële middelen vermelden dan ook niet specifiek de indicatie BE. Evenwel zijn er een aantal vergunde antibacteriële middelen waarbij de indicatie ruim beschreven is (‘behandeling van infecties door gevoelige micro-organismen’). Bij de classificatie van de vergunde antibacteriële middelen (zie verder) worden enkel molecules vermeld met een dergelijke ruime registratiebeschikking.

Bij pluimvee zijn enkel groepsbehandelingen via drinkwater van praktisch nut omdat de toom een epidemiologische eenheid vormt.